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不同的玉米机械加工方法对玉米粉蛋白质含量有很大的影响。在玉米机械加工湿磨工艺过程中，大部分水溶性蛋白质被提取出并随脱水工序而流失。在玉米机械加工生物改性工艺中由于添加蛋白酶作用于蛋白质，蛋白质发生部分水解，在清洗工序中也可能遭到流失。
在玉米机械挤压加工工艺中虽然高温高压可能导致蛋白质的变性和降解，但总氨含量基本无变化。蛋白质含量的降低有利于改善面粉的拉伸性能，因为蛋白质的溶出使淀粉得到纯化，有利于凝胶形成和食用品质的改善。
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